La DREAL Bourgogne-Franche-Comté est DREAL pilote, en lien avec le ministère, pour la réalisation du PNA. Elle est l’interlocuteur privilégié de l’opérateur, met en œuvre les crédits permettant le financement du poste d’animateur du PNA, réunit le comité de pilotage et en assure la présidence avec la DEB, assure le contrôle de l’exécution, diffuse l’information auprès des autres DREAL.

Les pilotes des actions sont au nombre de 11 :

	Fédération des Conservatoires d’espaces naturels (FCEN)
	Société Française pour l’Etude et la Protection des Mammifères (SFEPM)
	Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN)
	Centre d’études et d’expertise sur les risques, l’environnement, la mobilité et l’aménagement (CEREMA)
	Ministère de la Culture
	Office National des Forêts (ONF)
	Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS)
	Centre National de la Propriété Forestière (CNPF)
	Ministère de l’Agriculture et de l’alimentation
	Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail de Nancy (ANSES)
	Labex Ecofect

Le(s) pilote(s) de chaque action anime(nt) des groupes de travail thématiques avec des structures et des personnes identifiées comme ressource sur la thématique.

Les partenaires du 3ème PNA sont :

	Muséum d'histoire naturelle de Bourges
	Muséum d'histoire naturelle de la ville de Genève
	Centre de Coordination Ouest (CCO)

Tous les pilotes des fiches-actions, certains partenaires et représentants régionaux se réunissent une fois par an lors d’un comité de pilotage pour permettre aux membres de prendre connaissance de l’état d’avancée des actions, d’évaluer les résultats et de proposer des priorités pour l’année suivante.