Sur les 36 espèces présentes en France, 19 ont été identifiées comme prioritaires par un Comité de suivi. Celui-ci s’est basé sur des rapports européens et nationaux pour sélectionner les espèces qui devront bénéficier des actions de conservation du PNA.

Ainsi, les 19 espèces prioritaires identifiées répondent à au moins un de ces critères :

• L’état de conservation est évalué comme défavorable dans au moins une région biogéographique (d’après la directive Habitats-Faune-Flore et son rapportage tous les six ans prévu dans l’Article 17) ;
• L’état de conservation est évalué comme inconnu dans tous les domaines biogéographiques où l’espèce est présente (d’après la directive Habitats-Faune-Flore et son rapportage tous les six ans prévu dans l’Article 17) ;
• Espèce dont l’amélioration des connaissances est nécessaire (d’après l’accord Eurobats et la résolution 7.12 ratifiée par la France en septembre 2014) ;
• Espèce classée comme « en danger critique d’extinction », « en danger », « vulnérable » ou « quasi-menacée » dans la liste rouge nationale des espèces menacées de Mammifères de France métropolitaine (2009) ;
• La tendance d’évolution des populations est jugée en diminution (d’après le diagnostic des 34 espèces reconnues à l'époque, établi lors du bilan du Plan national d’actions Chiroptères 2009- 2013).